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HPC 환경의 대용량 유전체 분석을 위한 염기서열정렬 성능평가
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- Issue Date
- 2013-02
- Citation
- 정보처리학회논문지 : 소프트웨어 및 데이터 공학, v.2, no.2, pp.107-112
- ISSN
- 2287-5905
- Publisher
- 한국정보처리학회 (KIPS)
- Language
- Korean
- Type
- Journal Article
- Abstract
- 인간 유전체 지도 완성 후 NGS 기술의 발달로 대용량 유전체 데이터 분석에 대한 요구가 증대하였다. NGS 데이터는 대용량의 단편서열로 구성되므로 효과적인 분석을 위해 고성능 컴퓨팅 기술의 지원이 요구된다. 본 연구에서는 HPC 환경에서 NGS 데이터로부터 SNP를 탐색하는 유전체 분석 파이프라인을 구축하였다. 각 분석 단계의 CPU 이용률 분석을 통해 분석 단계 중 서열 정렬 단계가 연산 작업의 비율이 가장 높은 것을 확인하고, 공개된 병렬화 서열 정렬 도구들의 성능을 분석하여 유전체 분석를 위한 매니코어 프로세서의 활용 가능성을 확인하였다.