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Journal Article
상호작용 관계를 이용한 단백질 기능 예측
- Issue Date
- 2004-09
- Citation
- 주간기술동향, v.1163, pp.48-51
- ISSN
- 1225-6447
- Publisher
- 정보통신기획평가원
- Language
- Korean
- Type
- Journal Article
- Abstract
- 초기의 바이오인포매틱스 연구는 유전자 서열 정보 등 방대한 양의 새로운 생물학 데이터들을 저장하고 분석하기 위한 데이터베이스 개발에 초점을 맞추었지만, 현재의 많은 연구들은 미지의 단백질에 대한 구체적인 기능을 예측하는데 관심을 가지고 있다. 특히, 단백질 상호작용 데이터로부터 특정 단백질에 대한 신뢰성 있는 기능 예측을 위해 효과적인 프로티오믹스의 계산 모델 개발이 절실하게 요구되고 있다. 이 계산 모델을 이용한 단백질 기능 예측은 매우 부가가치가 높은 신약개발이나 의료진단에 이용됨으로써 생물학적 실험에 요구되는 비용을 현격하게 감소시킬 수 있다. 여기서는 ETRI에서 개발한 단백질 기능 예측 시스템(function prediction system in protein interaction networks: f-PIN)을 소개한다. f-PIN은 대규모의 2차원 단백질-단백질 상호작용 맵에서 Guilt-by-Association 개념을 이용한 단백질 기능 예측 시스템이다. 어떤 단백질이 무슨 기능을 할 것이냐에 대한 단서는 이미 기능을 알고 있는 다른 단백질과 상호작용을 하는지 여부를 살펴봄으로써 알 수 있을 것이며, 이러한 원리를 Guilt-by Association이라고 한다. 이 분석은 Proteome 분석과 달리 단백질의 상대적인 양을 조사하는 것이 아니라, 단백질-단백질 상호간의 Potential Interaction을 살펴보는 방법을 이용한다. 본 시스템에서는 단백질-단백질 상호작용 데이터를 시각화할 수 있으며, 이를 바탕으로 그래프 기반 기능 예측 모델인 Neighbor-Counting 예측모델과 χ2-통계치 예측 모델, 그리고 Interaction Generality 예측 모델을 이용하여 단백질의 기능 예측을 수행한다. 실용성에 대한 평가 방법은 Confusion Matrix가 이용되었으며, 개발된 예측 시스템은 Yeast 단백질에서 85% 이상의 예측 결과를 나타내고 있다.
- KSP Keywords
- Prediction System, Protein Interaction Networks, function prediction
This work is distributed under the term of Korea Open Government License (KOGL)
(Type 2: : Type 1 + Commercial Use Prohibition)
(Type 2: : Type 1 + Commercial Use Prohibition)
