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단백질 상호작용 네트워크 항해 기술
- Issue Date
- 2004-09
- Citation
- 주간기술동향, v.1161, pp.54-58
- ISSN
- 1225-6447
- Publisher
- 정보통신기획평가원
- Language
- Korean
- Type
- Journal Article
- Abstract
- 현재 대부분의 생명과학 연구는 “하나의 유전자가 하나의 단백질을 만들고, 하나의 단백질이 하나의 기능을 수행한다”는 기존의 일차원적인 범위를 벗어나 복잡한 생물학적 기능을 단백질들 사이의 상호작용을 통해 규명하려는데 초점을 맞추고 있다. DNA에 포함된 유전자 정보가 발현되어 최종적으로 생성되는 물질로서 단백질은 다른 단백질과의 상호 유기적인 작용을 통해 신호 전달(signal transduction), 세포 생명 주기(cell life cycle), 세포 분화(cell development), DNA 복제(replication), 물질대사(metabolism) 등과 같은 세포의 생리활성 반응을 조절하게 된다. 이 상호작용을 단백질들 사이의 관계로 나타내면 네트워크 형태로 표현된다. 이 네트워크에서 단백질은 노드 그리고 단백질들 사이의 상호 관계는 에지로 표현된다. 일반적으로 단백질 상호작용 네트워크는 생물체의 종(organism)에 따라 참여하는 단백질뿐만 아니라 이들 사이의 관계가 다를 수 있다. 또한, 같은 종에 대해서도 세포 조직(tissue)이나 세포 주기(life cycle)에 따라 여러 종류의 네트워크가 존재할 수 있다. 또한, 하나의 네트워크는 매우 방대한 단백질들과 그들 사이의 복잡한 관계들로 구성되어 있다. 따라서, 단백질 상호작용 네트워크 시스템은 데이터베이스로부터 사용자가 원하는 특정 네트워크를 선별적으로 검색할 수 있어야 한다. 또한, 복잡하게 표현된 네트워크를 사용자가 용이하게 분석할 수 있도록 최적화된 형태로 시각화할 수 있어야 한다. 본 기술에서는 이를 위해 개발된 단백질 상호작용 네트워크 항해 시스템 navINet(Navigating protein Interaction Networks)에 대해 소개한다. navINet 시스템은 세포에 존재하는 단백질들 사이의 복잡한 관계들로 표현되는 네트워크들을 사용자가 점진적으로 항해할 수 있도록 지원한다. 즉, 사용자가 방대한 데이터베이스에서 자신이 원하는 네트워크만을 검색하여 시각화할 수 있으며, 시각화된 네트워크에서 사용자가 관심이 있는 일부 부분 네트워크나 단백질의 구체적인 정보를 점진적으로 탐색할 수 있다. 이를 위 한 navINet 시스템은 (그림 1)과 같이 구성되어 있다. 다음에서는 navINet 시스템을 구성하고 있는 각각의 모듈의 특징을 설명한다.
This work is distributed under the term of Korea Open Government License (KOGL)
(Type 2: : Type 1 + Commercial Use Prohibition)
(Type 2: : Type 1 + Commercial Use Prohibition)
